ถึงแม้ว่าสงครามจะเกิดจากความขัดแย้งของชาวอาหรับกับอิสราเอล แต่ผู้ที่ได้รับผลกระทบมากที่สุดคงไม่พ้นชาวปาเลสไตน์ เพราะหลังจากที่อิสราเอลประกาศยึดครองอาณาเขตในเยรูซาเล็มตะวันออกหลายพื้นที่ในเขตเวสต์แบงค์อย่างไม่ได้รับการยินยอมจากประชาคมทั่วโลกแม้แต่น้อย
ส่งผลให้ชาวปาเลสไตน์กว่า 5.1 ล้านคนที่อาศัยอยู่ในเขตเวสต์แบงก์และฉนวนกาซ่าต้องตกอยู่ภายใต้การควบคุมของทหารอิสราเอลด้วยข้ออ้างที่ว่าเพื่อความปลอดภัย ชีวิตของประชากรชาวปาเลสไตน์ถูกควบคุมสั่งการผ่านด่านตรวจกองทหารนับร้อยจุด โดยใช้ระบบใบอนุญาตแบ่งเป็นรหัสสีและกำแพงแบ่งแยก (Separation Wall) เป็นตัวกดกันไม่ให้ครอบครัวได้มีโอกาสพบปะกัน
องค์กร Human Right Watch ได้มีการจัดกลุ่มเพื่อจำแนกประเภทของการละเมิดกฎหมายคุ้มครองสิทธิมนุษยชนและมนุษยธรรมสากล ไว้ 5 ประเภท ได้แก่ การฆาตกรรมอย่างผิดกฎหมาย , การกักขังหน่วงเหนี่ยวอย่างทารุณ, การปิดล้อมในฉนวนกาซ่า, การกำจัดการเคลื่อนไหวนของชาวปาเลสไตน์, การพัฒนาของการตั้งถิ่นพำนักอาศัย, ซึ่งก็ไม่ได้ทำให้อิสราเอลให้ความสนใจ เพราะอิสราเอลยังคงดำเนินการสร้างที่พักอาศัยและขนย้ายพลเรือนชาวยิวให้เข้ามาตั้งถิ่นฐานในเขตเวสต์แบงก์และเยรูซาเล็มอยู่เรื่อยๆ จนมีจำนวนประชากรชาวยิวที่เข้ามาอาศัยอยู่ที่ประมาณ 600,000 คน
เมื่อมีคนยิวเข้ามาอาศัยอยู่ในเขตดินแดนปาเลสไตน์เป็นจำนวนมาก แน่นอนอยู่แล้วว่าการสร้างสาธารณูปโภคต่างๆ ก็ทำขึ้นเพื่ออำนวยความสะดวกให้กับชาวยิวเท่านั้น นั่นจึงเป็นเครื่องยืนยันได้ว่าอิสราเอลได้สร้างการเหยียดชนชาติให้อภิสิทธิ์แก่ชาวยิวเหนือชาวปาเลสไตน์ในดินแดนของปาเลสไตน์ การจัดแบ่งชนชั้นเช่นนี้ถือได้ว่าทางการอิสราเอลได้ฝ่าฝืนกฎหมายระหว่างประเทศด้วยการห้ามการแบ่งแยกชนชาติตามรายงานของคณะมนตรียุโรปประจำกรุงลอนดอน
สามารถสรุปได้ว่าการยึดครองที่ยืดเยื้อยาวนานของอิสราเอลเป็นการสร้างสถานการณ์ที่บ่งบอกได้ถึงการละเมิดสิทธิมนุษยชนเป็นอย่างมาก เป็นการปล่อยให้เจ้าของพื้นที่เดิมอย่างปาเลสไตล์ต้องทนทุกข์ทรมานอยู่กับสภาพแวดล้อมที่โหดร้าย อีกทั้งสังคมและบุคคลคในสังคมไม่มีที่อยู่ให้กับพวกเขา จนต้องพากันอพยพไปอยู่ที่อื่น เราจึงมักพบเห็นข่าวการอพยพของชาวปาเลนสไตล์อยู่บ่อยครั้ง นักวิเคราะห์ได้ออกมาเปิดเผยว่าไม่มีแนวโน้มว่าอิสราเอลจะทำการถอนตัวออกจากดินแดนยึดครองหรือยุติภารกิจการล่าอาณานิคม ยึดถิ่นที่อยู่อาศัยของผู้อื่น ซึ่งตราบใดก็ตามที่มูลค่าการยึดครองของอิสราเอลมีค่าน้อยกว่าราคาของการทำให้สิ้นสุดลง อิสราเอลก็จะไม่ยอมยุติอย่างแน่นอน หากแม้ว่าทั่วโลกจะทำการประณามหรือเรียกร้องมากแค่ไหนก็หาได้รับความสนใจต่ออิสราเอล